선린교회는 1980년대의 비약적인 교회성장을 이어가기 위하여 1990년대에 들어 의욕적인 전도운동을 전개하였다. 1991년 10월 5일에는 모든 교인들에게 ‘1ㆍ1ㆍ1 운동’을 제안하였다. 이 운동의 구체적인 내용은 ‘한 사람이 1년에 1명씩 전도하자. 한 사람이 1년에 1명씩 전도하면, 우리교회는 1년에 배가운동이 된다. 민족복음화는 우리지역 전도부터’였다. 다시 말해 모든 교인들이 최소한 1년에 한 명은 전도하자는 것이었다. 1993년에는 ‘잃은 양 찾기 운동’을 전개하였다. 1993년을 마무리하는 11월 21일부터 12월 5일까지는 두 주간 동안 ‘잃은 양 찾기’주간을 설정하였다. 잃은 양 찾기는 밖으로의 전도가 아닌 기존 성도들의 신앙을 회복하는 기회로 삼았다. 즉 주님을 잠시 잃어버린 성도들뿐만 아니라 울타리 안에서 잠들었던 양에게도 항상 주님이 함께 하신다는 것을 깨우치기 위한 영적 각성이었다.

1996년 9월부터는 매주 화요일 성경학교와 전도훈련을 실시하였다. 성경학교는 오전 10시부터 10시 50분까지, 전도훈련은 11시부터 12시까지였다. 11월부터는 이 운동을 전교인 전도운동으로 확대하였다. 전도학교 임원들은 매주 화요일 오전 11시부터, 오후 1시부터는 각 기관 임원들이 참여하도록 하였다. 첫째 주일에는 여선교회1-10부, 둘째 주일에는 여선교회11-21부, 셋째 주일에는 청장년 남선교회, 넷째 주일에는 MYF, 교회학교가 참여하도록 하였다.

이듬해인 1월 17일부터 19일까지는 전도간증집회를 열어 전도의 열기를 더욱 고취시켰다. 집회의 강사는 CBS 기독교방송「새롭게 하소서」프로그램의 출연자였다. 17일 금요심야기도에는 박노성 장로를 초빙하였다. 동아일보 해직기자 출신인 그는 성은감리교회 장로로 한겨례신문 특수광고국장으로 재직하고 있었다. 제목은 ‘기도의 응답’이었다. 18일(토) 정명자 집사가 강사였다. 그녀는 KBS 관현악단 부악장으로 미국 남미 유럽 성가연주 및 찬양집회인도를 하는 열성적인 여성이었다. 분당감리교회 출석하고 있었다. 제목은 ‘땅 끝까지 복음을’이었다. 마지막 날인 주일에는 주일 오후 예배 시간이었다. 강사는 박효석 장로로 한독화장품 회장이었다. 제목은 ‘너희 행사를 여호와께 맡겨라’였다. 많은 교인과 지역주민들이 참석하여 삶의 의미와 궁극적인 가치를 발견하는 복된 자리였다.

이듬해인 1997년 3월부터는 웨슬리 전도대를 조직하여 기관별 전도운동을 시작하였다. 전도대원은 20명 정원으로 1주는 여선교회 2-10부, 2주는 여선교회 11-21부, 3주는 청장년선교회ㆍ남선교회, 4주는 아동부ㆍ중고등부ㆍ청년부였다. 3개월 후인 6월 16일부터 19일까지는 매일 오전 10시부터 12시까지 매일 전도훈련을 실시하였다. 강사는 C.C.C.전임강사로 훈련방법은 C.C.C.의 전도훈련교재로 강의와 토의로 전도실습을 하는 것이었다. 전도훈련를 마친 후 7월부터는 전도대원을 모집하여 매주 수요일 오전 10시부터 12시까지 전도를 실시하였다.

이와 같이 구체적인 전도운동을 전개하면서 매년 부흥회를 통해 교인들의 신앙 부흥을 일으켰고, 전도열심을 고취시켰다. 다음은 1990년대 선린교회 부흥회와 강사이다.

1990.8.6 - 9 최기순 목사, 강화 갈멜산 기도원,

1990.12.10 - 13 강문호 목사(갈보리 선교교회),

1991.10.21 - 24 한정호 목사(서정교회)

1992. 4. 3 - 6 최광영 목사(송월교회)

1992.8.26 - 28 백문현 목사(안양감리교회)

1994.2.21 - 24 김우영 목사(만나교회)

1995.2.20 - 23 김우영 목사(만나교회)

1996.11.24 - 27 고용봉 감독(중부연회)

그리고 부흥회 형식이 아니라 전교인이 기도원을 찾아 집회에 참석하는 산상수련회도 있었다. 1993년 1994년에는 여름 휴가철을 이용하여 강화 갈멜산 기도원에 가서 전교인이 산상집회로 영적인 재충전의 기회를 가지기도 하였다.

한편 선린교회의 부흥에는 목회자와 교인들의 뜨거운 기도가 뒷받침이 되었다. 1990년대초 교인들은 강화 갈멜산 기도원을 자주 찾았다. 속회별로 가기도 하고, 각 기관별로 가기도 했다. 1991년 에는 각 구역별로 갈멜산 기도원을 찾아 속회를 실시하였다. 기도원 속회는 기도가 중심이었다. 1990년 4월 27일부터는 금요 철야기도회를 시작하였다. 시간은 금요일 저녁 11시부터 1시까지였다. 1992년 2월 7일부터 금요심야기도회로 바꾸어서 시간을 밤 10시로 앞당겨 시작하였다. 또한 매년 두 주간 동안 특별새벽기도회를 갖고 집중적인 기도를 하였다. 특별기도회는 사순절 특별기도회와 같은 절기와 부흥회나 총동원 주일과 같은 영적운동을 앞둔 시점에서 시행되었다. 특별히 대입수학능력시험을 앞두고 특별기도회를 열어 입시생 자녀를 둔 부모들이 힘써 기도하였다. 또한 성전 건축이 시작되고 진행되는 동안 교인들이 기도가 끊이지 않았다. 1999년에는 성전 완공과 담임목사의 감독선출을 위한 특별기도회를 갖기도 하였다. 1999년 10월 11일부터 11월 19일까지는 성전완공을 위한 40일 특별기도회를 가졌다. 구역이 연속으로 기도하는 방식으로 진행하였다.

선린교회는 속회를 선교의 한 단위로 속회별 전도를 독려하였다. 이른바 속회 전도운동으로 1998년도 하반기동안 속회별 1사람 이상 전도하기 운동을 실시하였다. 이듬해인 1999년에는 담임목사가 매 금요일마다 속회를 순회인도하면서 각 교인들의 신앙을 점검하고 권면하였다.

선교부는 교회 선교에 관련된 사업을 시행하는 부서로 헌신예배시 선교에 관련된 강사를 초빙하여 교인들이 선교 열의를 다지게 하였다. 1991년 2월 3일 선교부 헌신예배는 아세아연합신학대학 학장인 한철하 박사를 초빙하여 선교에 관한 말씀을 들었다. 이 자리에는 아세아 지역에서 온 유학생 20명이 동석하였다. 1991년 10월 16일에는 선교부 주관으로 간증예배를 드렸다. 강사는 주안장로교회 안강자 집사였다. 1995년 9월 24일부터 25일까지는 임원 전도훈련이 실시되었다. 주제는 생활전도 배가운동으로 강사는 이왕복 목사였다.

1990년대 선린교회는 교회를 이끌어갈 장로들이 여러 명 선출되었다. 1992년 당회에서는 김규하 장로, 1994년에는 서재필ㆍ정흥순ㆍ김낙호ㆍ이왕세ㆍ손응용 권사가 신천장로로 선출되었다. 이어서 1997년에는 김명옥, 신종백 권사가 1999년 당회에서는 김용남ㆍ곽종철ㆍ김상일ㆍ정진찬 권사가 역시 신천장로로 선출되었다. 1990년부터 1999년까지 12명의 장로가 새로 선출되어 교회의 거룩한 일꾼으로 사명을 감당하게 되었다.

1990년대 선린교회의 가장 큰 과제는 바로 성전건축이었다. 부평 일대가 도시개발로 급격하게 발전되어가는 상황에서 도시 개발에 걸 맞는 성전건축은 곧 지역선교의 디딤돌 역할을 할 것이 틀림없었다. 1990년대 선린교회는 지난 10년보다 교회 성장의 폭이 많이 둔화되었다. 한국교회 전체로 보아 급속한 성장기를 거쳐 차차 완만한 성장기로 접어들어 가던 시기였다. 선린교회도 예외도 아니었다. 다음은 1991년부터 2000년까지의 결산액과 입교인수의 변화이다. 입교인 수는 10년 동안 50%가 증가하였다. 결산액은 10년 동안 약 60%가 증가하였다. 결산액의 증가폭이 1980년대에 비해 상당히 저조했던 이유는 건축헌금이 많았기 때문이다. 교인들은 정말 헌신적으로 건축헌금을 감당하였다. 건축헌금은 경상비에 포함되지 않기 때문에 결산액의 증가의 폭이 크지 않았던 것이다.

한편 교회의 관리를 맡아 수고한 이들은 다음과 같다. 1989년 7월 2일 이경호 집사가 관리인으로 일하게 되어 현재까지 헌신적으로 교회의 관리업무를 성실하게 돌보고 있다. 이경호 권사는 대형면허를 소지한 베테랑 운전실력으로 교회 버스를 안전하게 운행하고 있다. 2000년 2월에는 새성전 봉헌과 때를 같이 하여 신형 45인승 버스를 새로 구입하여 교인 수송에 만전을 기하고 있다.^{[27]1994년 교회 버스 운행은 다음과 같았다. 당시 교인들의 거주지역을 알 수 있는 참고자료이다.
희망백화점(9:45)→구월아파트(9:50)→연수1차(10:00)→대동아파트(10:10)→남동경찰서(10:15)→팬더아파트(10:20)→동아아파트(10:22)→광명아파트(10:27)→진흥아파트(10:30)→삼환아파트(10:35)→만수주공(10:37)→만수소방서앞(10:40)→간석시장(10:43)→목화예식장(10:45)→기아산업(10:48)→우체국(10:50)→영광백화점(10:52)→목욕탕(10:55)→선린교회} 1995년 5월 8일부터 16일까지는 주차장 확장공사를 하여 교회 앞마당을 더욱 효율적으로 사용할 수 있도록 하였다. 조두순 집사는 이경호 집사와 함께 여성 관리인으로 임명되었다. 조두순 집사는 1991년 3월 30일 사임하고 한복이 집사가 수고하다가 1993년 사임하였다. 그 자리에는 다시 조두순 집사가 임명되어 일하다가 1994년 10월 31일 사임하고 다시 한복이 집사가 임명되어 수고하였다. 조두순 집사와 한복이 집사가 번갈아 가며 관리인으로 수고하였다. 1996년 4월 30일 정점숙 집사가 임명되어 일하였다.