선린교회의 해외선교는 2000년에 들어와서도 계속 이어졌다. 다만 선교환경에 변화가 있었다. 1990년대부터 들어온 해외 근로자들에 대한 선교의 관심이 더욱 높아졌다. 우리가 나가서 선교하는 것도 중요하지만 한국에 들어와 살고 있는 외국인 근로자들에게 그리스도의 참 사랑을 전하는 것은 매우 효율적인 선교방식이 아닐 수 없었다. 선린교회는 1990년에 이미 외국인 영어 예배를 드린 적이 있고, 중국인 예배는 꾸준히 이어오고 있었다. 2001년 9월 30일에는 중국어 예배를 인도하며 선교하던 김교철 목사가 그만두고 요적복씨가 2002년 11월 5일까지 섬겼다. 2002년 8월 6일에는 중국인 근로자 1일 수련회를 송도유원지에서 가졌다. 2002년부터 2005년까지 중국어 예배는?

2005년 12월 17일에는 경인지역 외국인을 위한 성탄절 외국인 연합축하예배를 선린교회에서 드렸다.

한편 2001년 7월 13일 인천항에 입항 중인 둘로스 국제선교선에 승선하고 인천항 부두에서 예배를 드렸고, 7월 14일에는 둘로스전도팀이 선린교회에서 동암역을 중심으로 노방전도하는 일에 동참하였다. 선린교회는 국제항인 인천항에 정박한 외국인 배를 방문하여 예배를 드림 외국인 선교의 폭을 넓혀나가고 있다. 2006년 5월 18일을 첫 시작으로 월 1회 인천항에 정박한 외국인 배를 방문하여 예배를 드리고 있다. 선린교회 외항선교팀은 선린교회 소리샘 중창단이 중심이 되어 인천항에 정박하고 있는 외국인 배를 직접 방문하여 예배 및 특별찬양, 생일축하의 시간들을 통하여 복음의 씨앗을 뿌리고 있다. 외항선교팀은 양상현 목사 지도로 소리샘중창단과 여선교회 회원들 중심으로 선교활동이 이루어지고 있는데, 이번에는 양상현 목사, 홍정순ㆍ김원분 권사, 이은주ㆍ조은숙ㆍ정효순ㆍ정미정ㆍ조현경 집사, 청년부 고경진과 인천기독신문기자인 박현수가 동행하여 첫 예배를 드렸다. 이후 외항선교팀에 권구현목사가 함께 참석하여 외국인 예배를 인도함으로 효율적인 선교가 이루어지고 있다.

1990년대 활발하게 진행되었던 필리핀 선교도 계속 이어졌다. 2005년 선린교회가 또 한 차례 필리핀에 성전을 봉헌하였다. 장소는 필리핀 마카베베 지역이었다. 이번에는 여선교회가 주도적으로 나서 이 교회를 봉헌하였다. 권용각 감독은 2005년 1월 17일부터 22일까지 필리핀 선린교회(Good Samaritan) 와 선교사들을 지원하기위해 필리핀을 방문하였다. 이 사업을 주또한 여선교회 회원들을 중심으로 2005년 4월 25일에는 30일까지 필리핀 마카베베 선린교회 봉헌식 및 선교여행를 다녀왔다. 이어서 나라는 청소년들에게 해외선교의 현장체험과 해외경험을 심어주기 위해 마카베베 교회를 중심으로 필리핀 단기선교여행을 다녀왔다. 2005년 8월 14일부터 20일까지 열린 필리핀 단기선교는 참가자들에게 선교에 벅찬 도전을 주기에 충분한 의미있는 여행이었다. 장소는 필리핀 까띠뿌난과 마카베베였다. 참여자들은 총 32명이었다.

권용각 양상현 박상구 신태하 정부용 한상일 서지혜 김영희 송명석 오 완 김남혁 장현진 강현아 최영훈 강성구 김남도 명철수 김명호 서은혜 하경실 임경숙 조옥연 김혜원 한송희 박미경 지미자 성시경 손지혜 이다혜 김하영 최영진 손솔지(32명)

떠나기 두 달 전부터 매주 오후 3시에 사랑성전에 모여 교육을 받고 한 달 전 부터는 일일 릴레이 금식기도로 선교의 문을 열게 해달라고 뜨겁게 기도했다. 그리고 출발 하루 전에는 금요일 저녁 심야기도회를 통해 전 교인들이 단기선교를 위해 기도하였다. 현지인 필리핀 클라크 공항에서 김현태 선교사가 마중 나와 선교의 일정이 시작되었다.

8월 15일 첫째 날은 아시타스 고산족에게 실시한 의료선교 일정이었다. 이들은 필리핀에서도 가장 천대받으며 가장 어려운 생활을 하고 있는 소수민족이었다. 이들의 상처를 어루만지며 기도하면서 잘 통하지 않은 말로 복음을 전했다. 그 날 저녁에는 찬양집회에 이어 양상현목사의 영어설교를 통해 큰 은혜를 받았다. 둘째 날은 이전에 선린교회 여선교회에서 건축한 마카베베 선린교회가 있는 곳이었다. 마카베베 선린교회에 도착하여 그 지역 감리사의 환영인사를 비롯, 담임목사와 인근교회 교역자들의 뜨거운 환영 속에 식사를 마치고, 지역 노방전도를 하였다. 오후에는 여름성경학교를 개교하고, 준비한 관현악연주, 탈춤, 워십, 전체 특송과 3명의 합기도 시범은 그 지역 어린이들과 주민들에게 대단한 인기였다. 저녁식사 후 시작된 어른 집회에도 300명 이상이 모였다. 현지 교회 찬양단과 율동 수화팀의 모습에서 많은 은혜를 받았다. 그들은 찬양 선교단까지 스스로 조직해서 운영하고 있었다. 권용각 감독의 메시지선포에 김현태 선교사가 통역을 해주었다. 셋째 날은 달라얍교회를 방문하여 이곳에서 점심식사 대접을 받았다. 오후에는 필리핀 박물관에 들러 필리핀 역사에 대한 안내를 들었다. 넷째 날은 팍상한 폭포를 다녀왔다. 대단히 장대한 폭포였다. 다섯째 날은 엥겔레스 시내 주위의 많은 상점을 돌며 직접 물건을 구입하는 등 문화체험을 하였다.^{[46]2005년 9월 10일 김명호 권사가 쓴 선교여행기「이 세계는 한번 도 포기된 적이 없는 하나님의 꿈입니다」를 요약하였다.}

한편 선린교회의 파송으로 파키스탄에 가서 선교하고 있던 권구현ㆍ연선화 선교사 가족은 2001년 파키스탄의 정세가 매우 불안하여 한국정부가 대피권유하고 선교본부의 긴급 철수명령에 의해 귀국하여 선린교회에서 대기하였다. 이들은 다시 파키스탄 현지로 가서 선교를 마치고 2003년 6월 1일 귀국하였다. 여선교회에서는 그 동안의 선교적인 헌신과 열정으로 선교의 씨앗을 뿌린 이들의 노고에 감사하여 선교사환영 만찬을 베풀었다. 이후에도 파키스탄 선교는 계속 이어지고 있다. 2007년 2월 17일부터 27일까지 파키스탄 단기 의료선교 및 선린 클리닉 봉헌식을 가졌다.

선린교회 해외선교는 이와 같이 계속되고 있지만 해외선교의 상황에 따라 조금씩 선교대상지가 변하고 있다. 특히 권용각 감독이 선교위원장으로 재임하는 동안 세계선교지도자들과 폭넓은 교제를 통해 선교의 폭이 크게 넓어졌다. 2007년 10월 28일에는 아프리카 지도자 초청 선교 컨퍼런스와 세계여성선교대회에 참석중인 아프리카 교계 지도자 및 정치계 지도자들이 선린교회 예배에 참석하여 아프리카 선교의 중요성을 일깨워주었다. 이듬해인 2008년 5월18일에도 아프리카 선교 지도자들이 참석하여 은혜로운 예배를 드렸다. 선교부 헌신예배로 드린 아 날 의 예배에 방한 중인 아프리카 지도자들이 참석하였다. 말씀은 김평육 선교사가 전하였다.

한편 1990년 이래 꾸준히 진행된 해외선교의 흐름은 계속 이어가고 있다. 2007년 12월 22일은 2007 외국인 성탄연합축제 사랑나눔 콘써트를 선린교회에서 열었다. 외국인들이 함께 모여 예배를 드리며 즐거운 시간을 가졌다. 또한 외항선 선교도 계속되고 있다. 외항선 승선예배에는 소리샘 중창단들이 동행하여 아름다운 찬양과 말씀으로 복음을 전하고 있다.